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me imagino que os abra pasado a mas de uno,con el programa winscp querer modificar o pegar algun archivo en una carpeta la cual el usuario no es pi sino root
segun he leido hay un modo pero no he conseguido modificar los permisos ,lo tengo que hacer a traves de putty con el comando sudo chown pi o chmod
pero desde winscp no lo he conseguido

Por lo general, instalando samba tienes acceso a todo lo referente a retropie, aunque no al resto del sistema.

Para hacerlo con winscp sólo hacen falta dos cosas:

1. Definir la sesión como SCP (no como SFTP)


2. Modificar el shell para que ejecute sudo


Más info:
https://winscp.net/eng/docs/faq_su#sudo