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Hola!
El problema es básicamente ese y la verdad que me parece una cosa rarísima, os cuento:
Uso la raspberry pi 3 B+ con raspbian, la uso para controlar unos relés mediante python, mysql y php.
Pues hace tres días, estaba modificando mi página web y de repente, se quedó colgada la raspberry, como no había forma de reiniciarla, la tuve que desenchufar.
Pues bien, desde ese día, cualquier cambio que haga en la raspberry, bien sea un dato en la DB, un archivo en la carpeta del apache o simplemente una carpeta nueva en la carpeta Home, desaparece misteriosamente para siempre.
Cuando la raspberry se quedó colgada, no fué por nada que yo le hiciese, en ese momento solo estaba modificando el index de mi web en un gestor de texto.
Salu2!

tal vez al colgarse se estropeo algun sector en el cual tenia informacion importante
has probado de acerle un chek disc y despues un update y upgrade?
no tendras una copia de respaldo ?
siento no poderte ayudar mas

Hola, muchas gracias por tu respuesta, hice el update y upgrade, pero el chek disc no, voy a ponerme ahora mismo a ello. Esperemos que se solucione.
Tengo copia de seguridad de los datos importantes. Del sistema completo no, pero bueno, en caso de no poder solucionar el problema, sería reinstalar raspbian, apache, etc.. y copiar los archivos.
Voy a probar y cuento si funciono!

ahora que pienso tal vez tambien puede ser algo de permisos de escritura o lectura
pero te puedes volver loco para encontrar el o los archivos afectados

Acabó ahora mismo de comprobar y este a sido el resultado:
Paso terminado, se encontraron 15596544 bloques dañados. (0/0/15596544 errores)
Por lo que estoy viendo, para repararlo, no puedo hacerlo desde la misma SD, ¿como podría hacer?.
Podría quitar la sd, meterla en mi pc con Ubuntu y hacerlo desde ahí?

creo que si mejor con ubuntu segun lei por internet explican detalladamente
pero esto no te asegura que te recupere la informacion perdida de estos bloques
por probar no pierdes nada
ya dices que tal te fue