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Buenas! les comparto esto pq estuve a punto de abandonar Recalbox pq no conseguía personalizarlo. No tenía acceso a los archivos del sistema, todo lo que encontraba era para cargar roms a través de la página (que está muy linda para newbies, pero que no deja hacer demasiado a expertos).
La cosa es así:

Instalás e iniciás Recalbox en tu Raspberry, PC o donde fuere. (hay tutoriales)
Le habilitás la red. (hay tutoriales)
Con esto ya podés accederla por ssh (hay tutoriales)

Desde una PC (yo uso linux) te metés por ssh con el siguiente comando:
ssh root@ip_recalbox
password: recalboxroot

Ahí vas a ver que quedás en el bash: '#'
ponés el siguiente comando:
mount -o remount,rw /
Con eso, estás montando (o remontando) la partición con permisos de escritura.

Ahora sí. Te podés meter desde "Mis sitios de red" (Windows), o "redes" (según la distro de Linux que uses). En la carpeta:
recalbox/share_init/roms
Están las roms que vienen por default. Borrás las que no quieras (directamente la carpeta o las roms que están adentro)
Otra cosa que yo hice fue eliminar algunos de los videos del inicio de Recalbox, que no me gustaban. Esos están en:
recalbox/system/resources/splash
Ahí vas a ver también las imágenes de inicio y podés cambiar las que quieras.
Espero les ayude...
Saludos!

gracias!!

Excelente aporte, desde el PC también se puede borrar gráficamente muy fácil con WinSCP si tienes Windows, mc si tienes GNU/Linux o cyberduck si tienes MacOS