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Buenas, alguien sabe cómo poner shaders o scalines en este emulador? En el final burn por ejemplo dentro de un juego entro en el menú de retroarch/quick menu/shaders y ahí elijo el shader pero en mame2003 ni idea.

Se hace igual, en mame2010,mame2003 y final burn, y en todos los demás que aceptan retroarch, prueba a grabar donde dice Game Core y se aplica a todo, también puedes aplicar el shader para ver cómo queda. Yo utilizo crt-pi shader. En las opciones de retropie también se puede aplicar ese shader a todos los emuladores.

Pues ahora no veo el menú para cambiar los shaders, sólo puedo acceder desde el quick menu dentro del juego pero no desde el configurador de retroarch, sabes donde es?

Es en menú rápido o quick menú en todos.
Te paso un vídeo
https://youtu.be/pjF2Lla0rrE

El problema es que no puedo acceder al menú retrocede ni al rápido en mame2003

Intenta reinstalar desde retropie el mame 2003, tienes que tener mal algo que no te deje entrar con el botón hotkey+menú.
Es raro también.