Contra (NES)
Uforia (NES)
Wonder Boy I (Game Gear)
Super Mario World (SNES)
Run Saber (SNES)
Arkanoid Doh it again (SNES)
Super R-Type (SNES)
Golden Axe (Megadrive)
Gunstar Heroes (Megadrive)
Streets of Rage (Megadrive)
Streets of Rage 2 (Megadrive)
Monkey Island 2 (PC)
Command and Conquer (PC)
Phantasmagoria (PC)
Strider 2 (MAME)
Toki (MAME)
Hammerin' Harry (MAME)
Double Dragon (MAME)
Caveman Ninja (MAME)
Out Run (MAME)
Windjammers (MAME). Conocida versión del Pong, su desventaja principal es la brevísima duración de los sets.
Ghosts’n goblins (MAME)
Pang (MAME)
Mercs (MAME)
Sly Spy (MAME)
Shock Troopers (Neo Geo)
Ninja Commando (Neo Geo)
Final Fantasy VII (PSX)
Resident Evil (PSX)
Metal Gear Solid (PSX)
Agent Armstrong (PSX)
Crazy Taxi (Dreamcast)
Y aquí otros no tan conocidos, pero que me gustan igualmente:
Three Wonders (World) MAME

Tengai MAME
Black Tiger MAME

Vandyke (Japan) MAME

Rastan (MAME)
Spin Master (NEO GEO/MAME)

Super Sidekicks 4: The Ultimate 11 (NEO GEO/MAME)
Chippoke Ralph no Daibouken - The Adventure of Little Ralph (Japan) - PSX

Plataformas 2D muy simple, pero muy colorido y entretenido.
Sé que hay otros muy queridos como Sunset riders, Castle of Illusion, Battletoads, pero estos son los que más me gustan a mí.
Podéis añadir alguno.
P.D: Adjunto enlace con juegos nativos para la Raspberry
http://malagaoriginal.blogspot.com.es/2 ... -para.html
Actualizo:
Super Mario Bros 3 (NES)
Captain Commando (MAME)
Snow Bros. (MAME)
Shinobi (MAME)
Shadow Dancer (MAME)
Cadillac and Dinosaurs (MAME)
Dragon Ninja (MAME)

Street Fighter 1987 (MAME)
Growl (MAME)
Bionic Commando (NES)
Bart vs. The World (NES)
Earthworm Jim (SNES)
Aladdin (Megadrive)
Robocop versus Terminator (Megadrive)
Sonic the Hedgegog 2 (Megadrive)
Perfect Dark (N64)
Donkey Kong (N64)
Banjo Kazooie (N64)
Conker's Bad Fur Day (N64)