Gracias por la respuesta Arcadevic, eso mismo estuve probando desde WinSCP, pero caundo lo ponia en "none" y guardaba , seguia pulsando start y saliendo el menu. Pero a raiz de tu comentario indague un poco mas sobre el archivo recalbox.conf, y en este
link, encontre la solucion, no se porque por WinSCP no me guardaba correctamente (le habia metidoel script previamente), pero por las carpetas en red de windows directamente, modifique este mismo archivo con el wordpad y ya lo tengo justo como queria.
Muchas gracias
