Bueno chavales al fin lo he conseguido solucionar
Por si a alguien le pasa lo mismo hay que seguir estos pasos:
1-seguir este tutorial
https://github.com/recalbox/recalbox-os ... s-%28EN%29
El config creado hay que renombrarlo a ejemplo: fba_libretro_custom.cfg
2-despues en recalbox.conf la ruta la debemos poner así fba_libretro.configfile=/recalbox/share/system/configs/retroarch/inputs/ fba_libretro_custom.cfg
3-teneis que empezar la ruta solo con estos nombres ,si no no os lo reconocerá (esto lo saco de aquí)
https://github.com/recalbox/recalbox-os ... f-%28EN%29
snes , nes , n64 , gba , gb , gbc , fds , gamecube , wii , virtualboy , sg1000 , mastersystem , megadrive , gamegear , sega32x , segacd , dreamcast , neogeo , mame , fba , fba_libretro , ngp , ngpc , gw , vectrex , lynx , lutro , wswan , wswanc , pcengine , pcenginecd , supergrafx , atari2600 , atari7800 , atarist , apple2 , amstradcpc , c64 , colecovision , msx , msx1 , msx2 , dos , scummvm , o2em , zxspectrum , zx81 , prboom , cavestory , psx , psp , moonlight
4-Tengo que decir que el archivo que me creó el save new configuration me lo direccionó a recalbox/share/system/
config/retroarch/fba_libretro.cfg y no en recalbox/share/system/configs/retroarch/fba_libretro.cfg ,ojo a esto,teneis que copiar el archivo fba_libretro_custom.cfg
a recalbox/share/system/configs/retroarch/fba_libretro_custom.cfg
No se si me he explicado bien

creo que no.
saludos